Der Eingang des Museums weist die charakteristischen Merkmale einer lateinamerikanischen Hazienda auf. Besucher werden dort vom Gesang des offiziellen Museums-Kanarienvogels begrüßt. In der Mitte des Innenhofs befindet sich ein Lúcumabaum, ein typischer peruanischer Obstbaum. Der erste Saal erzählt die Geschichte des Museumsgründers, fasst die archäologischen und geographischen Eigenschaften Perus zusammen und liefert einen chronologischen Überblick über die unterschiedlichen Zivilisationen Perus. Die folgenden Räume sind den verschiedene Kulturen der vier Regionen des Landes gewidmet.