Das Museum hat mehrere Dauerausstellungen. Die Gold- und Silbergalerie zeigt die größte Sammlung von Schmuck, die von vielen bedeutenden Herrschern des präkolumbischen Peru verwendet wurde. Es besteht aus einer Sammlung von Kronen, Ohrringen, Nasenornamenten, Gewändern, Masken und Vasen, die fein in Gold gearbeitet und mit Halbedelsteinen verziert sind. Antike peruanische Kulturen repräsentierten ihr tägliches Leben in der Keramik, und diese Galerie beherbergt die weltweit größte Sammlung erotischer Keramik.

Die Cultures Gallery zeigt 10.000 Jahre peruanische präkolumbianische Geschichte. Diese Chronologie-basierte Galerie bietet den Besuchern einen umfassenden Überblick über die Kulturen, die im präkolumbischen Peru durch die noch vorhandene indigene Kunst existierten, die seit der spanischen Eroberung im 16. Jahrhundert überlebt hat. Diese Halle ist in vier Bereiche unterteilt: Nordküste, Zentrum, Süden und Kulturen aus dem Hochland. Vitrinen wurden nach kultureller Reihenfolge geordnet: