Arequipa liegt auf über 2.300 m Höhe. Beherrscht wird die Stadt durch die Vulkane in der nahen Umgebung, den 5822 m hohen kegelförmigen Misti, den 6057 m hohen Chachani und den kleineren und entfernteren Picchu Picchu.

Nicht weit von Arequipa liegen auch die Schluchten des Cotahuasi- und des Colca Cañon, die mit bis zu 3000 m Höhenunterschied mit zu den tiefsten der Welt zählen.